NGS versus PCR: comparativo, mutações driver e direcionamento de conduta

 Prof. Dr. Fernando Soares, Diretor Médico de Anatomia Patológica da Rede D’Or e Professor Titular de Patologia da Universidade de São Paulo, comenta em vídeo aspectos interessantes relativos a esse contexto

A oncologia molecular é um segmento da oncologia que cresce vertiginosamente, é base para pesquisa e desenvolvimento e permite uma mudança substancial no cenário do paciente com câncer. Dois métodos são bem conhecidos no âmbito da avaliação genética. O método de sequenciamento de nova geração, do inglês NGS, é um método de sequenciamento de material genético automatizado, paralelo e de alto rendimento, usado para avaliar a presença de mutações que possam apresentar repercussão clínica e implicações terapêuticas importantes.  

A técnica NGS pode trazer várias informações ao médico: desde mutações patogênicas, assim como mutações de significância clínica ainda desconhecidas, porém que futuramente, podem se tornar alvo para drogas, ou serem potenciais sinalizadores de prognóstico.  

No mesmo cenário, temos o método da reação em cadeia polimerase, do inglês PCR, no qual são utilizadas enzimas para amplificar sequências de material genético. Já conhecido e amplamente difundido, esse método, ainda que mais limitado, apresenta importantes aplicações clínicas no aconselhamento genético. Há também os testes de hibridização in situ, em particular o FISH, que podem ser úteis para a avaliação cromossômica. 

Comparando os dois métodos, o NGS é um método de cobertura mais ampla, que permite descoberta de novas variantes e avaliação de um número maior destas. Por outro lado, o PCR se apresenta como um método mais sensível, acessível, rápido, de menor custo. Entretanto, o PCR detecta apenas mutações já previamente conhecidas, e quando comparado com o NGS, o PCR perde a chance de encontrar outras mutações patogênicas, como mostram dados previamente publicados. Olhando para o gene EGFR, nas mutações de inserção do exon 20, observou-se que o PCR não detecta aproximadamente 50% desses casos, em comparação direta com o NGS. 

A escolha entre cada um dos métodos deve, portanto, levar em consideração o objetivo almejado com o exame e cenário no qual o profissional de saúde se insere. Os fatores como a urgência, se a cobertura é suficiente para o locus a ser avaliado, o custo do exame, a capacidade da equipe de interpretar os resultados, a dificuldade de coleta dos tecidos para amostra. De modo geral, prefere-se o NGS sempre que disponível, optando pelo PCR nos casos de mutações especificas e particularidades do quadro.  

Referências: 

1. Taylor JC, Martin HC, Lise S, et al. Factors influencing success of clinical genome sequencing across a broad spectrum of disorders. Nat Genet 2015; 47:717. 
2. Apresentação do Prof. Dr. Fernando A. Soares 
3. Bauml JM et al. et al. Presented at the International Association for the Study of Lung Cancer 2020 World Conference on Lung Cancer. 28-31 January 2021; Virtual. Abstract 3399. 

Apoio Educacional:

Para saber mais sobre câncer de pulmão acesse: https://canceregfr.com