Novo teste detecta com precisão os principais tipos de alterações genômicas

Perfil molecular do tumor é realizado através de um painel genômico abrangente com sequenciamento de nova geração (NGS)

A biópsia líquida é um procedimento minimamente invasivo que detecta biomarcadores moleculares através de uma simples amostra de sangue, sem a necessidade de realizar biópsias teciduais e cirurgias. As possibilidades clínicas das biópsias líquidas incluem genotipagem de câncer no diagnóstico, detecção de doença residual mínima após a cirurgia, monitoramento da resposta ao tratamento, detecção precoce e perfil de resistência. Diferentes componentes liberados pelo tumor podem ser potencialmente detectados pela biópsia líquida, como:
● DNA tumoral livre circulante (ctDNA)
● Células tumorais circulantes (CTCs)
● Micro-RNA (miRNA) circulante
● Microvesículas extracelulares (incluindo exossomos) contendo miRNA e DNA

Embora essas biomoléculas possam estar presentes na corrente sanguínea, o ctDNA é atualmente o componente mais relevante de ser avaliado na biópsia líquida. Para a sua análise, PCR quantitativo (qPCR), PCR digital de gotas (ddPCR) e Next-Generation Sequencing (NGS) são as ferramentas mais comumente utilizadas. Ambos os métodos de PCR envolvem o uso de sondas de DNA específicas para atingir genes específicos e a saída de dados é uma medida quantitativa do número de alvos na amostra.

O NGS também utiliza sondas para capturar fragmentos de DNA específicos, mas a resultante dos dados é a sequência do DNA capturado. A vantagem do NGS é que ele envolve milhões de fragmentos de DNA sequenciados em paralelo, seguidos pelo alinhamento computacional das leituras no genoma. O NGS tem, portanto, o potencial de permitir economia de amostra, tempo e dinheiro, evitando testes iterativos.

Atualmente, um dos testes em biópsia líquida disponíveis, é oferecido pela empresa Foundation Medicine. O FoundationOne Liquid, teste que analisava 70 genes, foi substituído por uma nova versão, o FoundationOne Liquid CDx, recentemente aprovado pelo FDA americano (U.S. Food and Drug Administration).

O novo teste, FoundationOne Liquid CDx, utiliza a técnica de NGS baseado em captura híbrida e um painel genômico abrangente que permite detectar as quatro principais classes de alterações genômicas (substituição de bases, inserções/deleções, alteração no número de cópias e rearranjos de genes) em 324 genes relevantes no tumor.

Devido à sua alta especificidade e sensibilidade, é possível avaliar a carga mutacional do tumor (TMB) e a instabilidade de microssatélites (MSI), identificar alterações clinicamente relevantes e, consequentemente, expandir as opções de tratamento para pacientes com qualquer tipo de tumor sólido.

Journal of Clinical Oncology
Um estudo publicado este ano no Journal of Clinical Oncology para a validação clínica e analítica do FoundationOne Liquid CDx demonstrou que o novo teste detecta com precisão e reprodutibilidade os principais tipos de alterações genômicas (variantes curtas, rearranjos e alterações no número de cópias), além de biomarcadores complexos, como MSI, bTMB e fração tumoral. Os dados demonstram que o ensaio, usando apenas uma amostra de sangue, pode identificar variantes genômicas que fundamentem as decisões terapêuticas para pacientes com câncer com qualquer tipo de tumor sólido, sendo uma ferramenta adicional para os médicos.

Saiba mais:
One®Liquid Technical Specifications, 2018. Available at: https://www.foundationmedicine.com/genomic-testing/foundation-one-liquid (Accessed March 2019).

Clark TA et al. J Mol Diagn 2018; 20: 686–702.

FoundationOne®Liquid Specimen Instructions 2018. Available at: https://www.foundationmedicine.com/genomic-testing/foundation-one-liquid (Accessed March 2019).

Data on file: FoundationOne®Liquid Sample Report, 2018.

Marc Beishon – What can we learn from liquid biopsies? CancerWorld, Number 68 Sept-Oct. 2015 https://cancerworld.net/cutting-edge/what-can-we-learn-from-liquid-biopsies/

Parikh AR, Leshchiner I, Elagina L, et al. Liquid versus tissue biopsy for detecting acquired resistance and tumor heterogeneity in gastrointestinal cancers. Nat Med. 2019;25(9):1415-1421.

Leighl NB, Page RD, Raymond VM, et al. Clinical Utility of Comprehensive Cell-free DNA Analysis to Identify Genomic Biomarkers in Patients with Newly Diagnosed Metastatic Non-small Cell Lung Cancer. Clin Cancer Res. 2019;25(15):4691-4700.

Demkow, U & Ploski, R. Clinical Applications for Next-Generation Sequencing. 2016

Clinical and analytical validation of FoundationOne Liquid CDx, a novel 324-gene
blood-based comprehensive genomic profiling assay.Journal of Clinical Oncology, 2020, suppl.e13685