Na última década, plataformas de sequenciamento de nova geração (Next-generation sequencing, NGS) foram amplamente difundidas e se tornaram um dos alicerces da Oncologia de Precisão. Contudo, a multiplexação de várias amostras em paralelo ainda permanece um processo complexo, de alto custo e que encerra diversas limitações.
Em estudo recentemente publicado na Nature Communications, pesquisadores do Karolinska Institutet na Suécia descreveram nova metodologia, chamada CUTSeq, que combina endonucleases de restrição à transcrição in vitro, e é capaz de converter diretamente o DNA genômico em um “código de barras” molecular e amplificá-lo antes da construção de bibliotecas de DNA. Tais experimentos tornaram possível acessar a heterogeneidade genética intratumoral, através do perfil de variação no número de cópias do DNA (CNAs) e frequência dos polimorfismos de nucleotídeo único (SNVs), com melhor custo-efetividade.
Essa técnica é facilmente reprodutível e permite utilizar material proveniente de diferentes biópsias, por exemplo. A análise também pode ser realizada em pequenos fragmentos de tecido fixados em formalina e embebidos em parafina (FFPE).
O CUTSeq demonstrou ser um método versátil e promissor, que pode identificar tumores com maior potencial de agressividade e, impactar dessa forma, em futuras decisões terapêuticas.
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