Ensaios Oncomine Myeloid e a estratificação de risco em doenças hematológicas

A tecnologia de sequenciamento de nova geração permite alta cobertura e avaliação de múltiplos alvos genômicos capazes de estratificar pacientes, direcionar terapias e fornecer informações importantes para um tratamento individualizado em doenças hematológicas 

Malignidades hematológicas derivadas do crescimento descontrolado de células imunes de linhagem hematopoiética e linfoide, compreendem um grupo de doenças clinicamente heterogêneos, abrangendo cerca de 6,5% de todos os tipos oncológicos ao redor do mundo¹. A grande diversidade clínica é reflexo da complexidade genética envolvida no estabelecimento fisiopatológico de cada uma das malignidades, de modo que avaliações gênicas (genes alvos, fusões gênicas, splicing) se tornam cada vez mais exploradas e avaliadas não só para caracterização clínica, mas também como embasamento para escolha terapêutica. 

Dentre a variedade de métodos disponíveis para avaliações gênicas e caracterização hematológica, tem ganhado destaque o Sequenciamento de Nova Geração (NGS)​^2,3, método de detecção molecular que se baseia na amplificação e sequenciamento de regiões genômicas – alvo de patologias hematológicas. O Oncomine Myeloid Research Assays⁴, compreende, portanto, ensaio com painel de mutações no DNA, contando com 40 genes alvo e 29 genes drivers em um painel amplo de fusões gênicas. Esses ensaios, dada a variedade e cobertura do painel, fornecem importantes informações mutacionais atrelada a um workflow simples e rápido, permitindo cobertura das principais desordens mieloides, como leucemia mieloide aguda, síndrome mielodisplásica, leucemia mieloide crônica e outras. 

Estudos apresentados na 64th ASH Annual Meeting and Exposition (2022) demonstraram resultados utilizando a metodologia do NGS com o ensaio Oncomine Myeloid Research Assays como ferramenta para estratificação de risco em Leucemia Mieloide Aguda e Síndrome Mielodisplásica. 

A Leucemia Mieloide Aguda (AML) por compreender um grupo clinicamente heterogêneo de desordens clonais, mesmo com a utilização de recomendações de estratificação de risco genético da European LeukemiaNet (ELN) – 2017, apresenta padrões de resposta terapêuticas igualmente heterogêneos. Frente a isso, em 2022, sugeriu-se a atualização das recomendações do ELN como forma de melhorar as definições prognósticas referentes às anormalidades genéticas, especialmente, dado o avanço das tecnologias de NGS.  

O estudo realizado pela Giovanna Piras​⁵ e colaboradores avaliou a estratificação de risco de AML, utilizando o ELN 2022 em uma coorte real-life. O estudo retrospectivo contou com 158 pacientes recentemente diagnosticados com AML e tratados de 2013 a 2021. Foram submetidas ao NGS 105 amostras do diagnóstico utilizando o painel Oncomine Myeloid Research panel, que permitiu explorar 1256 hotspots e 33 genes-chave, de forma que as características citogenéticas e moleculares foram usadas para classificação de risco tanto conforme o ELN 2017 quanto o ELN 2022.  

ELN 2017 classificou 24 casos como favoráveis (23%), 40 como risco intermediário (38%) e 41 como risco adverso (39%). No entanto, comparativamente, quando aplicado o ELN 2022, a reclassificação resultou em 14% favoráveis, 38% risco intermediário e 48% como risco adverso, de modo que os pacientes migraram de condições favoráveis a risco intermediário (7) ou risco adverso (2) e 7 que migraram de risco intermediário para risco adverso, sem que nenhum paciente fosse reclassificado em um grupo de menor risco prognóstico. 

De modo similar, utilizando a mesma metodologia de NGS, Jose Falantes​⁶ e colaboradores abordam a heterogeneidade presente nas características prognósticas de 181 pacientes com Síndrome Mielodisplásica com doença de baixo risco, de modo que a incorporação de dados genômicos [Molecular International Prognostic Scoring System (IPSS-M)] permita subdividir esse grupo tão heterogêneo. 

Dentre 392 mutações identificadas, três delas chamaram atenção nas análises de sobrevida, estando associadas à sobrevida global (SG) de modo que mutações em RUNX1 (HR = 1,8; 95% CI: 0,1-0,8) e TP53 (HR = 1,6; 95% CI: 0,9-2,8) se correlacionaram com menor mediana de SG e em SF3B1 (HR = 0,34; 95% CI: 0,1-0,8)  à uma mediana prolongada de sobrevida global [95 meses (95% IC: 32-157) vs. 33 meses (95% CI: 19-46) em pacientes sem mutação (P < 0.01)]. Assim, mediante regressão multivariada de Cox, SF3B1 manteve-se como parâmetro de desfecho favorável e mutações em RUNX1 associado à menores SG. Por fim, tanto mutações em TP53 quanto em RUNX1 foram preditivos para probabilidade de progressão leucêmica. 

Além da estratificação de risco, o uso de NGS vem sendo explorado, também, como ferramenta para avaliação de resposta ao tratamento com base no conceito de Doença Residual Mínima (MRD), sendo, inclusive, parâmetro que suporta muitas das decisões clínicas. A MRD é tida como a presença de células leucêmicas residuais não detectáveis por métodos morfológicos convencionais​². Esse conceito se torna evidente naqueles grupos de pacientes que após combinações multidrogas e terapias de manutenção alcançam resposta ao tratamento, com mais de 50% desses pacientes atingindo remissão completa em estudos recentes. No entanto, mesmo que inicialmente apresentem boa resposta, a maioria desses pacientes vêm a recidivar, indicando a persistência da doença e a não detecção dessa. Frente a isso, técnicas cada vez mais específicas e de alta acurácia vem sendo desenvolvidas e estudadas para permitir detecção e quantificação de MRD de modo que essa informação permita classificação e estratificação de risco dos pacientes​³​. 

Frente a essa demanda da Oncohematologia, o Ion Torrent™ Oncomine™ Myeloid MRD Assay (RUO) configura um avanço com relação ao Oncomine Myeloid Research Assays, no entanto, apostando adicionalmente na detecção e mensuração de MRD com tecnologia de alta sensibilidade (limite de detecção de 0.05% de frequência alélica) e um painel mais robusto, contando com 33 genes (DNA), 42 fusões drivers (RNA) e 990 fusões únicas, mantendo um worfkflow simples e rápido (3 dias até o resultado) e permitindo análises integradas, anotações e relatórios igualmente integrados⁷. 

A possibilidade de um sequenciamento em larga escala e com alta profundidade como o do ensaio Oncomine Myeloid MRD Assays, permite achados moleculares similares aos citados nos estudos acima, úteis para estratificação de risco, e adiciona, ainda, a possibilidade de detecção de MRD em alta sensibilidade⁷. Esse novo ensaio e os resultados por ele gerados podem favorecer a estratificação de risco dos pacientes e avaliações de resposta terapêutica que, inclusive, são capazes de passar a compor os sistemas de score e os novos guidelines no contexto das doenças malignas hematológicas, individualizando o tratamento e assegurando melhores taxas de resposta. 

Referências:  

​​1. Tietsche de Moraes Hungria V, Chiattone C, Pavlovsky M, Abenoza LM et al. Epidemiology of Hematologic Malignancies in Real-World Settings: Findings From the Hemato-Oncology Latin America Observational Registry Study. J Glob Oncol. 2019. 

​2. Sánchez R, Ayala R, Martínez-López J. Minimal residual disease monitoring with next- generation sequencing methodologies in hematological malignancies. Vol. 20, International Journal of Molecular Sciences. MDPI AG; 2019.  

​3. Avet-Loiseau H. Minimal Residual Disease by Next-Generation Sequencing: Pros and Cons. 2016.  

​4.  https://www.thermofisher.com/br/en/home/clinical/preclinical-companion-diagnostic-development/oncomine-oncology/oncomine-myeloid-research-assay.html  

​5. Piras G, Uras A, Cucca A, Monne M. 4126 – Acute Myeloid Leukemia (AML) Risk Stratification Using the European Leukemianet 2022 Classification in a Real-Life Cohort of Patients from Sardinia, Italy. 64th ASH Annual Meeting and Exposition. 2022;  

​6. Falantes JF, Márquez-Malaver FJ, Carrillo E, Culebras MG, Morales R, et al. SF3B1, RUNX1 and TP53 Mutations Significantly Impact the Outcome of Patients With Lower-Risk Myelodysplastic Syndrome. Clin Lymphoma Myeloma Leuk. 2022. 

​7.  ThermoFisher Scientific. Oncomine Myeloid MRD Assays (RUO) Hemato-oncology Content summary. 2022.