Implementação de whole genome sequencing na prática clínica oncológica se mostra viável

O WGS foi considerado clinicamente viável em diagnósticos moleculares de rotina em um centro oncológico abrangente, agregando valor ao fornecer opções de terapia-alvo para a maioria dos pacientes

O whole genome sequencing clínico (cWGS) está sendo gradativamente implementado na rotina dos atendimentos oncológicos. Os resultados do sequenciamento oferecem aos oncologistas maior precisão em diagnósticos, melhor condução para aconselhamento genético e tratamento dos tumores com base em alterações moleculares genéticas.

Uma coorte prospectiva de 1.200 pacientes (tumores sólidos estadio IV) foi realizada no estudo WIDE (WGS Implementation in standard cancer Diagnostics for Every cancer patient) e os resultados sobre a viabilidade e a validade clínica referentes aos primeiros 600 pacientes foram divulgados no ESMO Virtual Congress 2020.

O cWGS foi conduzido de forma independente, mas paralela aos diagnósticos validados de padrão de atendimento (PDA). Para 47% dos pacientes, isso incluiu o PDA com diagnóstico molecular (DxMol). Os resultados de cWGS e DxMol foram comparados e discutidos em um tumor board dedicado para esse fim. Discordâncias iniciais foram avaliadas posteriormente por testes adicionais.

Os resultados mostraram que o cWGS foi realizado com sucesso em 69% (414/602) dos pacientes, com uma taxa de sucesso técnica de 96% (414/433). A inelegibilidade para a realização do cWGS ocorreu principalmente por um número insuficiente de células tumorais (<20%) na biópsia recebida (86%, 145/169).

Já o DxMol foi realizado em 47% (283/602) e teve sucesso em 95% (267/283) dos pacientes. O cWGS apresentou uma mediana de tempo de resposta (mTR) de 14 dias, que diminuiu gradativamente após melhorias contínuas voltadas ao procedimento de cWGS.

No total, 480 biomarcadores genômicos para validação clínica foram identificados pelo PDA com DxMol. cWGS mostrou uma taxa de erro de 4,2% (20/480) em comparação à taxa de erro de PDA com DxMol de 1% (5/480).

A maioria dos biomarcadores que não foram relatados pelo cWGS (19 de 20) estavam presentes nos dados brutos, mas não foram identificados de forma confiável devido às frequências das variantes dos alelos muito baixas.

Melhorias para aumentar ainda mais a sensibilidade estão sendo implementadas com uma redução antecipada da taxa de erro do cWGS para 2%.

No geral, cWGS identificou um biomarcador clinicamente acionável em 74% de todos os pacientes testados. Em comparação com o PDA com DxMol, cWGS identificou uma ou mais opções de terapia-alvo em 69% (197/287) dos pacientes. Curiosamente, em pacientes que não foram testados pelo PDA com DxMol, variantes acionáveis ​​foram identificadas em 60% (76/126).

Os autores concluem que baseando-se nos primeiros 600 pacientes do estudo WIDE, o cWGS foi considerado clinicamente viável em diagnósticos moleculares de rotina em um centro oncológico abrangente, agregando valor ao fornecer opções de terapia-alvo para a maioria dos pacientes.

Referências:

Monkhorst K, et al. Validation of whole genome sequencing in routine clinical practice.    Abstract 1189O. ESMO 2020.